2025.12.02
論文
【論文掲載】Evolutionarily Distinct Enzymes Uncovered Through Sequence Similarity Network Analysis of De Novo Transcriptomes from Underexplored Protist Axenic Cultures（谷村ら）
弊社 谷村（研究員）・加山（主任研究員）・松岡（顧問）の論文が掲載されました。
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タイトル：Evolutionarily Distinct Enzymes Uncovered Through Sequence Similarity Network Analysis of De Novo Transcriptomes from Underexplored Protist Axenic Cultures
著者：谷村文（SeedBank）、加山基（SeedBank）、松岡數充（SeedBank ）
要旨：
原生生物（プロティスト）は、真核生物の系統樹全体にわたって、膨大でありながら十分に探究されていない酵素多様性の宝庫である。
本研究では、4つの主要な真核生物スーパーグループに属する多様な原生生物について、単一細胞分離によって無菌培養株を樹立した。これらの株には参照ゲノムやトランスクリプトームが存在しないため、それぞれに対して de novo トランスクリプトーム解析を行った。産業用酵素探索の試験例として、パルプ処理に使用される9つの酵素クラスに着目し、主要な公共データベースと比較して、原生生物由来の配列が未開拓の配列空間を占めているかを評価した。
機能アノテーションと配列類似性ネットワーク解析を組み合わせた結果、原生生物由来の配列だけらで構成される複数のクラスターが明らかとなり、高い配列レベルの新規性を持つ酵素候補が存在することが示された。これらの結果は、原生生物が産業的に重要な酵素レパートリーを拡大し、さらなる解析の優先ターゲットを選定するうえで有用な資源となり得ることを示唆している。
しかし、これらの配列的に多様な候補が産業要件を満たす特性を持つかどうかを判断するには、さらなる in silico 解析および実験的検証が必要である。
著者らからの一言：原生生物―そこは、未知の宝箱。
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タイトル：Evolutionarily Distinct Enzymes Uncovered Through Sequence Similarity Network Analysis of De Novo Transcriptomes from Underexplored Protist Axenic Cultures
著者：谷村文（SeedBank）、加山基（SeedBank）、松岡數充（SeedBank ）
要旨：
原生生物（プロティスト）は、真核生物の系統樹全体にわたって、膨大でありながら十分に探究されていない酵素多様性の宝庫である。
本研究では、4つの主要な真核生物スーパーグループに属する多様な原生生物について、単一細胞分離によって無菌培養株を樹立した。これらの株には参照ゲノムやトランスクリプトームが存在しないため、それぞれに対して de novo トランスクリプトーム解析を行った。産業用酵素探索の試験例として、パルプ処理に使用される9つの酵素クラスに着目し、主要な公共データベースと比較して、原生生物由来の配列が未開拓の配列空間を占めているかを評価した。
機能アノテーションと配列類似性ネットワーク解析を組み合わせた結果、原生生物由来の配列だけらで構成される複数のクラスターが明らかとなり、高い配列レベルの新規性を持つ酵素候補が存在することが示された。これらの結果は、原生生物が産業的に重要な酵素レパートリーを拡大し、さらなる解析の優先ターゲットを選定するうえで有用な資源となり得ることを示唆している。
しかし、これらの配列的に多様な候補が産業要件を満たす特性を持つかどうかを判断するには、さらなる in silico 解析および実験的検証が必要である。
著者らからの一言：原生生物―そこは、未知の宝箱。
